近日，四川大學(xué)華西醫(yī)院生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)中心俞鵬研究員以第一作者身份在國(guó)際知名期刊《Scientific Data》發(fā)表一篇名為《Integrated analysis of a compendium of RNA-Seq datasets for splicing factors》的封面文章。文中應(yīng)用多種計(jì)算方法對(duì)收集到的75個(gè)獨(dú)立研究中的56個(gè)剪接因子進(jìn)行解析，找到了數(shù)個(gè)在雷特綜合征（Rett syndrome）和冷刺激誘導(dǎo)產(chǎn)熱（Cold-induced thermogenesis）生物過(guò)程中發(fā)揮重要作用的剪接因子，首次實(shí)現(xiàn)了迄今為止人類(lèi)最完全的大規(guī)模剪接因子核糖核酸測(cè)序數(shù)據(jù)的分析，為更好地分析剪接因子在代謝疾病中發(fā)揮的作用奠定了基礎(chǔ)。

剪接因子

文章作者集合了來(lái)自中國(guó)、美國(guó)、新加坡和澳大利亞四個(gè)國(guó)家的計(jì)算、生物、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的15位科學(xué)家。在前期的分析工作中，俞鵬團(tuán)隊(duì)通過(guò)對(duì)總數(shù)據(jù)量達(dá)6.6TB的數(shù)據(jù)進(jìn)行RNA剪接特征分析、基因表達(dá)特征分析以及特征比較分析找到了數(shù)個(gè)在雷特綜合征和冷刺激誘導(dǎo)產(chǎn)熱生物過(guò)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用的剪接因子，并進(jìn)行了部分實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，證明剪接因子的正確性，如利用神經(jīng)元形態(tài)學(xué)實(shí)驗(yàn)，證明冷誘導(dǎo)RNA結(jié)合蛋白（CIRBP）可以用于治療雷特綜合征；利用代謝流量分析證明SRSF1和PTBP1是脂肪細(xì)胞消耗能量所必需的剪接因子。下一步，俞鵬團(tuán)隊(duì)還將開(kāi)展大量的實(shí)驗(yàn)工作來(lái)驗(yàn)證信息分析結(jié)果，進(jìn)一步分析剪接因子在代謝疾病中發(fā)揮的作用。

據(jù)了解，俞鵬主要從事生物信息學(xué)及實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證、生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)及藥用植物的計(jì)算系統(tǒng)生物學(xué)等多領(lǐng)域的交叉研究，以主要參與者身份在國(guó)際頂級(jí)期刊《Cell》《Nature》《Science》上發(fā)表文章4篇，建立了包括小鼠剪接因子數(shù)據(jù)庫(kù)在內(nèi)的4個(gè)轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。其中人與小鼠中與冷刺激誘導(dǎo)產(chǎn)熱相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫(kù)填補(bǔ)了基因本體（Gene Ontology,GO）在冷誘導(dǎo)產(chǎn)熱這一生物過(guò)程的空白，得到了國(guó)際領(lǐng)域內(nèi)的廣泛認(rèn)可。